1985年毕业于长春光学精密机械学院激光技术专业，获学士学位。同年以优异的成绩考入中国科学院长春光学精密机械与物理研究所固体物理专业攻读硕士学位。

1988年研究生毕业后留所工作，任实习研究员。

1993年在中山大学光学专业获得博士学位，同年进入华南师范大学光生物博士流动站，跟随刘颂豪院士从事光学和生物学交叉学科的研究工作。

1995年出站后留校工作，任副研究员。

2001年晋升研究员。孟耀勇主持和参加了多项国家“863”、“973”、国家自然科学基金和广东省自然科学基金等项目的研究工作，作为第一作者或通讯作者已发表学术论文五十余篇，获国家专利1项，参加了多部由科学出版社等著名出版社出版的学术著作的撰写工作。