X射线对人体组织能造成伤害。人体受X射线辐射损伤的程度，与受辐射的量（强度和面积）和部位有关，眼睛和头部较易受伤害。
衍射分析用的X射线（属“软”X射线）比医用X射线（属“硬”X射线）的波长长，穿透弱，吸收强，故危害更大。所以，每个实验人员都必须牢记：对X射线“要注意防护！”。人体受超剂量的X射线照射，轻则烧伤，重则造成放射病乃至死亡。因此，一定要避免受到直射X射线束的直接照射，对散射线也需加以防护，也就是说，在仪器工作时对其初级X射线（直射线束）和次级X射线（散射X射线）都要警惕。前者是从X射线焦点发出的直射X射线，强度高，它通常只存在于X射线分析装置中限定的方向中。散射X射线的强度虽然比直射X射线的强度小几个数量级，但在直射X射线行程附近的空间都会有散射X射线，所以直射X射线束的光路必需用重金属板完全屏蔽起来，即使小于1mm的小缝隙，也会有X射线漏出。
防护X射线可以用各种铅的或含铅的制品（如铅板、铅玻璃、铅橡胶板等）或含重金属元素的制品，如含高量锡的防辐射有机玻璃等。
按照X射线防护的规定，以下的要求是必须遵守的：
1. 每一个使用X射线的单位须向卫生防疫主管部申请办理“放射性工作许可证”和“放射性工作人员证”；负责人需经过资格审查。
2. X射线装置防护罩的泄漏必须符合防护标准的限制：在距机壳表面外5cm处的任何位置，射线的空气吸收剂量率须小于2.5μGy／小时（Gy －戈瑞，吸收剂量单位）。在使用X射线装置的地方，要有明确的警示标记，禁止无关人员进入。
3. X射线操作者要使用防护用具。
4. X射线操作者要具备射线防护知识，要定期接受射线职业健康检查，特别注意眼、皮肤、指甲和血象的检查，检查记录要建档保存。
5. X射线操作者可允许的被辐照剂量当量定为一年不超过5雷姆或三个月不超过3雷姆（考虑到全身被辐照的最坏情况而作的估算）。
请参照以下标准：
GB4792 — 84 《放射卫生防护基本标准》
GB8703 — 88 《辐射防护规定》
GWF01 — 88 《放射工作人员健康管理规定》