数字化的X射线衍射仪其运行控制以及衍射数据的采集分析等过程都可以通过计算机系统以在线方式来完成，计算机配有一套衍射仪专用的控制与分析操作系统。
MSAL的计算机系统是一个多处理器系统。它以一台奔腾以上的个人计算机为主机，通过一个硬件接口控制一台以486 CPU为处理器的前级计算机来完成对衍射仪的控制以及衍射数据的采集分析等工作。前级计算机根据主机的命令选择运行衍射仪的各种功能程序；主机以联机在线方式控制衍射仪的运行，Windows图形界面，操作者用鼠标点选各种衍射仪操作命令，屏幕实时地显示采集的数据；屏幕上可以同时开启多个窗口，分别同时进行几项工作。主机还可以作为一台独立的个人计算机使用。MSAL的衍射仪配有高分辨率的彩色显示屏，有很好的图形显示功能；配有一台彩色喷墨打印机，能打印中文和图形。也可以选配一台激光打印机作为打印文字或绘制衍射图的输出设备。
“MSAL-X射线衍射分析操作系统”是套内容丰富的，并可随时扩展修改的粉末衍射仪操作与衍射分析实用软件系统。它包罗了一系列衍射仪操作的功能程序和许多衍射数据分析的应用程序，还有衍射工作常用数据表、操作步骤…的查询程序。
3.5.1 衍射仪控制操作系统
功能主要是用来控制衍射仪的运行， 完成粉末衍射数据的采集。主要有6个功能选择项：
1. 重叠扫描，有三种扫描方式选择：连续方式、定时步进方式或定数步进方式；
2. 强度测量，有两种测量方式选择：定时计数方式或定数计时方式；
3. 测角仪转动；
4. 测角仪步进或步退；
5. 2θ显示值的校对；
6. 计数率测量；
由一些常用的衍射图处理程序集成，主要有6项：
1. 图谱处理；
2. 寻峰；
3. 求面积、重心、积分宽；
4. 减背景；
5. 衍射图比较（多重衍射图的叠合显示）；
6. 平滑处理。
7. 格式转换：可以把本机采集的衍射数据文件转换成其他数据处理程序（如EXCEL, ORIGIN, GSAS等）能接受的文本格式文件。
系统还带有一本联机手册，可以帮助解答一些问题，查阅一些衍射分析常用数据。
1. X射线衍射物相定性分析
2. X射线衍射物相定量分析
3. 峰形分析
4. 晶粒大小测量
5. 晶胞参数的精密修正
6. 指标化
7. 径向分布函数分析
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